Podružnica Hrvatskog fizikalnog društva u Osijeku i Odjel za fiziku Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku organiziraju predavanje Proučavanje dioksigenaza ovisnih o željezu računalnim metodama
NAJAVA – Predavanje će se održati u srijedu, 29. travnja 2015. godine s početkom u 13 sati u učionici broj 60 na Odjelu za fiziku Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku (Trg Ljudevita Gaja 6).
Predavanje će održati:
- dr. sc. Hrvoje Brkić, Medicinski fakultet Sveučilišta u Osijeku
Dioksigenaze, enzimi koji pomoću iona željeza kataliziraju ugradnju oba atoma iz molekule kisika u supstrat, bili su predmet istraživanja provedenih u sklopu izrade doktorske disertacije. Teorijskim pristupom proučavani su enzimi Acetilaceton dioksigenaza iz Acinetobacter Jonsoii te ljudska dioksigenaza 3-hidroksiantranilne kiseline. Trodimenzionalne strukture navedenih enzima, određene rendgenskom strukturnom analizom i pohranjene u PDB bazi, a korištene su kao ishodište pri modeliranju. Parametri za izvođenje simulacija molekulske dinamike (MD) koji nedostaju u AMBER polju sila (raspodjela naboja na ionu željeza i ligandima koji ga koordiniraju, duljine veza, iznosi kuteva, te pripadajuće barijere), a nužni su za simulacije, određeni su kvantno-mehaničkim računima (QM). Stabilnost i ponašanje enzima u približno fiziološkim uvjetima proučeni su primjenom empirijskih metoda molekulskog modeliranja. Tim pristupom je analizirana zastupljenost voda u aktivnom mjestu, mreža vodikovih veza, interakcija pojedinih aminokiselinskih ostataka tijekom simulacija, njihovi srednji kvadratni pomaci i fluktuacije, putevi ulaska/izlaska vode, reaktanata, produkata i metalnog kofaktora u enzim… Pomoću QM računa utvrđen je reakcijski mehanizam modelnog sustava, a pomoću hibridnog kvantno-mahaničkog/molekulsko-mehaničkog (QM/MM) računa taj je mahanizam potvrđen u realnom okruženju.
