Senat je tijelo upravljanja na Sveučilištu koje se bira sukladno Statutu Sveučilišta, na način kojim se kroz predstavnike nastavnika i drugih zaposlenika osigurava zastupljenost sveučilišnih sastavnica te zastupljenost studenata kroz studentske predstavnike.
Senat čini osamnaest (18) članova iz reda nastavnika u znanstveno-nastavnim ili umjetničko-nastavnim zvanjima, i to u pravilu dekana odnosno pročelnika svake znanstveno-nastavne i umjetničko-nastavne sastavnice ili drugih zaposlenika, tri (3) predstavnika studenata, od kojih je jedan (1) predstavnik studenata poslijediplomskih studija, te dva (2) predstavnika zaposlenika drugih pravnih osoba u sastavu Sveučilišta (ravnatelj ili drugi zaposlenik Gradske i sveučilišne knjižnice Osijek, Studentskog centra u Osijeku).
Rektor je član Senata po položaju.
U radu Senata sudjeluju bez prava glasa: glavni tajnik i predstavnik sindikata u djelatnosti znanosti i visokog obrazovanja koji je zaposlenik Sveučilišta.
Članovi Senata Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Prof. dr. sc. Vlado Guberac, rektor Sveučilišta u Osijeku
Predstavnici znanstveno-nastavnih i umjetničko-nastavnih sastavnica
Prof. dr. sc. Boris Crnković, dekan, Društvene znanosti/Ekonomski fakultet u Osijeku
Prof. dr. sc. Krunoslav Zmaić, dekan, Biotehničke znanosti/Fakultet agrobiotehničkih znanosti Osijek
Prof. dr. sc. Tomislav Matić, dekan, Tehničke znanosti/Fakultet elektrotehnike, računarstva i informacijskih tehnologija Osijek
Prof. dr. sc. Kristian Sabo, dekan, Prirodne znanosti/Fakultet primijenjene matematike i informatike Osijek
Prof. dr. sc. Borislav Miličević, dekan, Društvene znanosti/Fakultet turizma i ruralnog razvoja u Požegi
Prof. dr. sc. Aleksandar Včev, dekan, Biomedicina i zdravstvo/Fakultet za dentalnu medicinu i zdravstvo Osijek
Prof. dr. sc. Emina Berbić Kolar, dekanica, Društvene znanosti/Fakultet za odgojne i obrazovne znanosti u Osijeku
Prof. dr. sc. Ivan Trojan, dekana, Humanističke znanosti/Filozofski fakultet Osijek
Prof. dr. sc. Hrvoje Krstić, dekan, Tehničke znanosti/Građevinski i arhitektonski fakultet Osijek
Izv. prof. dr. sc. Ivica Pažin, v.d. dekana, Humanističke znanosti/Katolički bogoslovni fakultet u Đakovu
Izv. prof. dr. sc. Zvonimir Tomac, v. d. dekana, Društvene znanosti/Kineziološki fakultet Osijek
Prof. dr. sc. Ivica Mihaljević, dekan, Biomedicina i zdravstvo/Medicinski fakultet Osijek
Prof. prof. dr. sc. Tunjica Petrašević, dekan, Društvene znanosti/Pravni fakultet Osijek
Prof. dr. sc. Jurislav Babić, dekan, Biotehničke znanosti/Prehrambeno-tehnološki fakultet Osijek
Prof. dr. sc. Helena Sablić Tomić, dekanica, Umjetničko područje/Interdisciplinarno područje znanosti/Akademija za umjetnost i kulturu u Osijeku
Izv. prof. dr. sc. Tanja Žuna Pfeiffer, pročelnica, Prirodne znanosti/Odjel za biologiju
Izv. prof. dr. sc. Vanja Radolić, pročelnik, Prirodne znanosti/Odjel za fiziku
Izv. prof. dr. sc. Elvira Kovač-Andrić, pročelnica, Prirodne znanosti/Odjel za kemiju
Dubravka Pađen Farkaš, viša knjižničarka, ravnateljica Gradske i sveučilišne knjižnice Osijek
Ivica Brekalo, dipl. oec., ravnatelj Studentskog centra u Osijeku
Mirko Vukoja, predsjednik Studentskog zbora Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku i student Fakulteta agrobiotehničkih znanosti u Osijeku
Josip Capan, član Studentskog zbora Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku i student Fakulteta odgojnih i obrazovnih znanosti u Osijeku
Zvonimir Bede, član Studentskog zbora Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku i student doktorskog studija Fakulteta agrobiotehničkih znanosti Osijek
PROREKTORI SVEUČILIŠTA
Prof. dr. sc. Loretana Farkaš, prorektorica za nastavu i studente Sveučilišta
Prof. dr. sc. Sonja Vila, prorektor za znanost, tehnologije, projekte i međunarodnu suradnju Sveučilišta
Prof. dr. sc. Drago Šubarić, prorektor za strategiju razvoja i financije
Prof. dr. art. Robert Raponja, prorektor za međuinstitucijsku suradnju
Prof. dr. sc. Damir Matanović, prorektor za organizaciju i ljudske resurse
GLAVNA TAJNICA SVEUČILIŠTA
Zdenka Barišić, mag. iur.
PREDSTAVNIK NEZAVISNOG SINDIKATA ZNANOSTI I VISOKOG OBRAZOVANJA
Izv. prof. dr. sc. Dalida Galović, predsjednca Regionalnog vijeća Nezavisnog sindikata znanosti i visokog obrazovanja