Sveučilište u Osijeku osnovano je 31. svibnja 1975. godine, nakon što je Hrvatski sabor 26. ožujka 1975. prethodno donio Odluku o davanju suglasnosti za osnivanje Sveučilišta. Početkom sedamdesetih godina prošlog stoljeća razvijeno i razgranato visoko školstvo u Osijeku nametnulo je potrebu neophodnog koordiniranja rada visokoškolskih ustanova i stvaranja povoljnijih uvjeta za znanstvenu i nastavnu djelatnost kroz osnivanje javnog sveučilišta. Recentna sveučilišna povijest nastavak je više od tri stoljeća duge tradicije visokoškolskog obrazovanja u gradu Osijeku, jer je 1707. godine osnovan Studium Philosophicum Essekini, a 1724. i Studium Theologicum Essekini koji 22. siječnja 1735. godine bivaju uzdignuti na stupanj generalnih visokoškolskih učilišta prvog razreda – Studium Generalae Theologicum Prime Classis, odnosno zavodsku visoku školu najvišega fakultetskog stupnja s pripravnim odjelom za filozofiju.
Sveučilište koje danas čini 11 fakulteta, jedna Akademija za umjetnost i kulturu i četiri sveučilišna odjela od 1990. godine u svome nazivu nosi ime Josipa Jurja Strossmayera, velikog Osječanina, biskupa, prosvjetitelja, iznimnog dobrotvora, humanista, osnivača današnje Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti, političara, vizionara i zasigurno jedne od najutjecajnijih osoba naših prostora na prijelazu 19. u 20. stoljeće. Nažalost, u više od četiri desetljeća recentne povijesti, Sveučilište u Osijeku pretrpjelo je znatna razaranja tijekom Domovinskog rata, poginula su 24 osječka studenta i 5 sveučilišnih nastavnika, a fakulteti i sveučilišne ustanove pretrpjeli velike materijalne štete. U razdoblju od 1995. godine Sveučilište je uz obnovu doživjelo niz značajnih promjena, posebice u ustroju, novim studijskim programima, značajnim kapitalnim ulaganjima te povećanju broja studenata, nastavnika, suradnika i prateće administracije.
Sveučilište provodi funkcionalnu integraciju koja se temelji na jedinstvenom i usklađenom djelovanju svih znanstveno-umjetničkih sastavnica te infrastrukturnih ustanova. Uvažavajući činjenicu da se hrvatsko visoko obrazovanje temelji na europskoj humanističkoj i demokratskoj tradiciji, nastojanja osječkog Sveučilišta usmjerena su na uključivanje u moderne europske sustave visokog obrazovanja i znanosti s očuvanjem vlastite posebnosti i identiteta. Kao suvremeno europsko sveučilište ono naglašava potrebu harmonizacije započetih procesa Bolonjske reforme studijskog sustava, studentske i nastavničke mobilnosti, liberalizacije i permanentnog razvoja visokoškolskog prostora u Republici Hrvatskoj, kao i sve veće dostupnosti međunarodnih istraživačkih programa i projekata te razvoja novih tehnologija u Europskom istraživačkom prostoru.
Sveučilište se posebno ponosi činjenicom da djeluje u gradu u kojem su rođeni, živjeli ili djelovali dobitnici Nobelove nagrade Lavoslav Ružička i Vladimir Prelog, umjetnici Julije Knifer i Oskar Neumann (Oskar Nemon), dobitnik filmskih nagrada Oscar Branko Lustig, brojni sportaši europskog i međunarodnog ugleda, kao i 54 člana Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti od njezina osnutka do danas.
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku do danas je dodijelilo 17 počasnih doktorata i 18 počasnih zvanja professor emeritus.
U–multirank je projekt Europske komisije koji se bavi višekriterijalnom analizom visokoškolskih ustanova u Europi i svijetu. Kriteriji koji se ocjenjuju su: znanstveni ugled institucije, kvaliteta podučavanja i učenja, međunarodna orijentiranost, uspjeh u prenošenju znanja (npr. suradnja s kompanijama i start-up tvrtkama) te angažiranost u regiji. U-multirank tim svake godine određuje koja će se područja evaluirati u sljedećem krugu rangiranja.
Europska povelja za istraživače (European Charter for Researchers) i Kodeks o zapošljavanju istraživača (Code of Conduct for the Recruitment of Researchers) su dokumenti Europske komisije čiji je cilj osigurati ista prava za istraživače, bez obzira na to u kojoj su europskoj državi uposleni. Europska povelja definira prava i obveze istraživača i organizacija u kojim oni rade, a Kodeks o zapošljavanju istraživača upućuje na jednakost postupka zapošljavanja prema svim istraživačima u Europi i povećanje transparentnosti procesa novačenja i zapošljavanja. U svibnju 2010. Sveučilište u Osijeku je potpisalo Deklaraciju o pristupanju Europskoj povelji za istraživače i Kodeksu o zapošljavanju istraživača, čime se obvezalo poštivati načela Povelje i Kodeksa te uskladiti svoje pravne akte s načelima Povelje i Kodeksa. U srpnju 2015. godine Europska komisija je Sveučilištu u Osijeku produžila logo izvrsnosti kao potvrdu kontinuiranog rada i napretka u znanstveno-istraživačkom radu.
Ljestvica Webometrics obuhvaća oko 25000 institucija visokog obrazovanja širom svijeta. Izrađuje je The Cybermetrics Lab (Spanish National Research Council, CSIC). Njezina posebnost očitava se u tome što njezin rang pokazuje utjecaj nekog sveučilišta na webu. Stavljajući naglasak na web resurse nekog sveučilišta, ova rang ljestvica odgovara izazovima današnjeg vremena u informacijskom, rekli bismo i internetskom dobu te promovira otvoreni pristup svim obrazovnim i znanstvenim informacijama. Na taj način ova ljestvica prati trendove u transformaciji obrazovanja uz potporu informacijsko-komunikacijske tehnologije.